Ο Χαράλαμπος Κασίμης είναι Καθηγητής στο Τμήμα Αγροτικής Οικονομίας και Αγροτικής Ανάπτυξης του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών. Τον Μάρτιο του 2015 τοποθετήθηκε Γενικός Γραμματέας Αγροτικής Πολιτικής και Διαχείρισης Κοινοτικών Πόρων του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, υπεύθυνος για την ΚΑΠ, το Πρόγραμμα Αγροτικής Ανάπτυξης και το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Αλιείας και Θάλασσας της Ελλάδας καθώς και τις Διεθνείς Σχέσεις. Από την θέση αυτή αποχώρησε τον Ιούλιο του 2019.
Έχει διατελέσει Πρόεδρος του Τμήματος Αγροτικής Οικονομίας και Ανάπτυξης του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών (2013-2014) και Διευθυντής του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών στο Πρόγραμμα «Ολοκληρωμένη Αγροτική Ανάπτυξη και Διαχείριση του Αγροτικού Χώρου» (2010-2014). Από το Σεπτέμβριο του 2014 έως τον Μάρτιο του 2015 διατέλεσε Αναπληρωτής Πρύτανης του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών.
Την περίοδο 1986-2003 διατέλεσε μέλος του διδακτικού προσωπικού του Τμήματος Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Πατρών και από το 1995 έως το 2000 Διευθυντής του Ινστιτούτου Αστικής και Αγροτικής Κοινωνιολογίας στο Εθνικό Κέντρο Κοινωνικών Ερευνών. Για αρκετά χρόνια υπήρξε μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου της Ευρωπαϊκής Εταιρείας Αγροτικής Κοινωνιολογίας και από το 2013 έως το 2015 Πρόεδρος.
Τα ακαδημαϊκά του ενδιαφέροντα επικεντρώνονται σε θέματα αγροτικού μετασχηματισμού και ανάπτυξης στην Ελλάδα, στα Βαλκάνια και στη Μεσόγειο και ειδικότερα στην οικογενειακή γεωργία, στην απασχόληση και στον μετασχηματισμό της αγροτικής κοινότητας. Η μετανάστευση και ειδικότερα, οι επιπτώσεις της διεθνούς μετανάστευσης στις αγροτικές περιοχές αποτέλεσαν ένα από τα σημαντικά ερευνητικά του θέματα τα τελευταία χρόνια. Στα χρόνια της κρίσης ασχολήθηκε ερευνητικά με τη μελέτη των επιπτώσεων της οικονομικής κρίσης στις αγροτικές περιοχές και την «επιστροφή στην ύπαιθρο».
Από το 2016 ο Χαράλαμπος Κασίμης είναι Αντιπρόεδρος και μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου του Διεθνούς Κέντρου Μεσογειακών Αγρονομικών Σπουδών (CIHEAM).
Από το 2018 μέχρι το 2019 διατέλεσε μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου του Οργανισμού Enterprise Greece.